Penyelenggaraan
Program doktor di Institut Pertanian Bogor dapat ditempuh melalui dua jalur, yaitu jalur yang sebagian besar bobot SKSnya diambil dari perkuliahan dan jalur yang sebagian besar bobot SKSnya diambil dari kegiatan penelitian termasuk seminar dan publikasi ilmiah. Selanjutnya jalur pertama disebut jalur perkuliahan sedangkan jalur kedua disebut jalur penelitian . Kedua jalur tersebut mensyaratkan penelitian dan penulisan disertasi.
Program doktor meliputi bobot pendidikan sekurang-kurangnya 40 SKS untuk jalur perkuliahan atau 41 SKS untuk jalur penelitian di atas program magister sains (M.Si). Program doktor dapat ditempuh minimum dalam 6 (enam) semester dan maksimum dalam 10 (sepuluh) semester.
Kualifikasi lulusan yang ingin dicapai dari jalur perkuliahan dan jalur penelitian tersebut pada prinsipnya sama. Perbedaannya terletak pada cara pembinaan mahasiswa untuk memiliki wawasan dan kemampuan dasar keilmuan dan keterampilan teknis yang diperlukan untuk merancang, melaksanakan, menganalisis, dan menyimpulkan hasil penelitian serta mempublikasikannya pada jurnal ilmiah dan menyusun disertasi.