Batas Masa Studi
Masa studi program doktor adalah 3 tahun (6 semester). Pada kondisi tertentu yang dinilai memenuhi syarat oleh Pimpinan SPs, mahasiswa dengan persetujuan komisi pembimbing dan koordinator Program studi/mayor dapat mengajukan perpanjangan masa studi. Semua persyaratan untuk memperoleh gelar doktor harus sudah dipenuhi dalam waktu selama-lamanya tidak lebih dari 5 (lima) tahun atau 10 (sepuluh) semester sejak mahasiswa terdaftar di program doktor SPs, termasuk mahasiswa dengan status setengah beban.

Komisi Pembimbing   
Komisi pembimbing mahasiswa program doktor berjumlah 3 (tiga) orang dan apabila sangat diperlukan dapat ditambah hingga 5 (lima) orang yang diketuai oleh seorang guru besar IPB dengan anggota komisi bergelar doktor. Anggota komisi pembimbing dapat berasal dari luar Program studi/mayor pilihan atau dari instansi/perguruan tinggi di luar IPB yang kewenangannya diakui oleh SPs. Bagi Program studi/mayor yang belum mempunyai staf pengajar guru besar, komisi pembimbing dapat diketuai oleh seorang doktor minimum dengan jabatan lektor kepala dengan catatan salah seorang anggota komisi harus seorang guru besar.
Komisi pembimbing sudah ditentukan paling lambat pada akhir semester 1 (satu), kecuali untuk program doktor jalur penelitian, paling tidak ketua komisi pembimbing sudah ditentukan pada saat mahasiswa diterima di SPs berdasarkan rencana penelitian yang diusulkannya. Jika karena suatu hal memerlukan pembimbing dari luar IPB, maka pembimbing tersebut diangkat berdasarkan penilaian terhadap curriculum vitae (CV). Pembimbing dari luar IPB tidak boleh lebih dari satu orang. Pengangkatan komisi pembimbing dilakukan dengan SK Dekan SPs.
Komisi pembimbing membantu penyusunan mata kuliah (Program Doktor Jalur Perkuliahan) atau menyusun program penelitian (Program Doktor Jalur Penelitian) serta memberikan bimbingan kepada mahasiswa dari sejak penyusunan usulan, pelaksanaan penelitian sampai publikasi dan penulisan disertasi. Komisi pembimbing dengan diketahui oleh koordinator Program studi/mayor dapat mengusulkan penghentian studi mahasiswa kepada Dekan jika mahasiswa dianggap tidak menunjukkan kemajuan.

Ujian Kualifikasi
Mahasiswa program doktor diwajibkan untuk mengikuti ujian kualifikasi untuk menjamin penguasaan ilmu dan kesiapan melakukan penelitian. Pelaksanaan ujian kualifikasi diatur oleh Program studi/mayor yang bersangkutan dan dilaksanakan oleh panitia ujian kualifikasi di masing-masing Program studi/mayor. Ujian kualifikasi dilakukan dalam bentuk ujian tertulis dan dalam bentuk ujian lisan yang mencakup hal-hal sebagai berikut:

1. penguasaan metodologi penelitian di bidang ilmunya,
2. penguasaaan materi bidang ilmunya baik yang bersifat dasar maupun kekhususan,
3. kemampuan penalaran termasuk kemampuan untuk mengadakan abstraksi;
4. kemampuan sistematisasi dan perumusan hasil pemikiran.

Mahasiswa melakukan ujian kualifikasi paling lambat pada akhir semester ke 3 (tiga) dengan catatan sudah memiliki susunan komisi pembimbing.  Ujian lisan dilakukan apabila mahasiswa telah lulus ujian tertulis.
Ujian kualifikasi ditempuh maksimum dua kali.  Mahasiswa yang gagal lulus ujian kualifikasi untuk kedua kalinya tidak diperkenankan untuk mengikuti program doktor selanjutnya.