Inisiasi pembukaan Sekolah Pascasarjana IPB dimulai sejak 1969 saat membentuk program insinyur 6 tahun yang terdiri atas 4 tahun prasarjana (sekarang menjadi program sarjana 4 tahun) dan 2 tahun sarjana yang menjadi perintis lahirnya Program Pascasarjana, Pendidikan Doktor di IPB melalui masa transisi, kegiatan penataran pada tahun 1972 menjadi titik awal pendidikan pascasarjana terstruktur yang menghantarkan IPB membuka Sekolah Pascasarjana pada 30 November 1974. Pada tahun 1975 dimulai Program Magister dan tahun 1978 dimulai Pendidikan Doktor. IPB merupakan pelopor pendirian Sekolah Pascasarjana dan merupakan yang pertama di Indonesia. Berdasarkan struktur organisasi, ketika pascasarjana didirikan menawarkan beberapa program studi utama yakni Ekonomi Pertanian, Ilmu Tanah, Agronomi, Ilmu Hewan, Penyuluhan Pembangunan, Sosiologi Pedesaan dan Statistika Terapan. Program-program ini menekankan pelaksanaan program master yang terpusat dan dikelola Sekolah Pascasarjana. Kemudian, pada tahun 1980 Sekolah Pascasarjana IPB secara resmi berubah status menjadi Fakultas Pascasarjana IPB. Secara bertahap, tahun berikutnya dibentuk departemen baru, khususnya menyesuaikan departemen baru yang diampu fakultas dan merujuk pada program studi program pascasarjana di luar negeri. Pada tahun 1983, jumlah departemen telah mencapai 21 (dua puluh satu), dan departemen ditata kembali ke bidang studi hingga pertengahan 2007. Pada akhir tahun 2007, program ini berubah menjadi mayor. Saat ini Sekolah Pascasarjana IPB membuka 57 program utama untuk program master dan 43 program utama untuk program setingkat doktor.